राष्ट्रीय सुपरकंप्यूटिंग मिशन का उद्देश्य सुपरकंप्यूटिंग में आत्मनिर्भरता प्राप्त करना, वैज्ञानिक और तकनीकी प्रयासों के विभिन्न क्षेत्रों में अनुसंधान एवं विकास और समस्या समाधान के लिए सुपरकंप्यूटिंग का उपयोग करने की संस्कृति का निर्माण करना, विभिन्न सामाजिक अनुप्रयोगों के लिए समाधान तैयार करना और देश में सुपरकंप्यूटिंग पारिस्थितिकी तंत्र को वैश्विक रूप से प्रतिस्पर्धी स्तर पर स्थापित करना है।
मिशन का लक्ष्य विभिन्न आकारों और पैमानों की सुपरकंप्यूटिंग प्रणालियों और सुविधाओं की एक राष्ट्रीय अवसरंचना तैयार करना है, जो पूरे देश में वितरित हो और राष्ट्रीय ज्ञान नेटवर्क के माध्यम से निर्बाध रूप से एकीकृत हो।
इस मिशन के अंतर्गत अवसरंचना को हिस्सों के रूप में बनाई गई प्रणालियों और सुविधाओं को राष्ट्रीय सुपरकंप्यूटिंग मिशन के तीन चरणों में विभाजित किया गया है: चरण I, चरण II और चरण III